Il est dit qu'à chaque fois que le mal s'attaquerait aux peuples d'Hyrule, un héros leur serait envoyé pour les sauver. Ce héros se fait appeler le Héros du Temps. C'est le seul qui pourrait maîtriser l'Épée de Maître et l'Ocarina du Temps : les deux instruments nécessaires à la destruction du mal. Il serait de plus le possesseur de la Triforce du Courage. En notre Ère, ce héros se réincarna dans l'être d'un petit garçon de la forêt nommé Link. Ce dernier n'avait pas de fée accompagnatrice comme ses amis les Kokiris. Il était différent d'eux, il appartenait en fait à la race hylienne. Lorsqu'une fée vint à sa rencontre, ce fut plutôt pour le conduire vers sa destinée. Il lui fut confié la survie de tous les peuples. C'était un bien lourd fardeau pour un garçon de dix ans. Trop lourd peut-être même. Oui car même si le petit héros prouva sa bravoure en débarrassant l'arbre Deku de ses parasites, en sauvant la princesse Ruto et en débarrassant les Gorons des monstres qui leur faisait la vie dure : il ne put sauver la princesse Zelda à temps. De retour à Hyrule, il assista à la fuite de la princesse et rencontra Ganondorf. Sans perdre une seconde, il pénétra dans le Temple du Temps pour accomplir sa destinée. Malheureusement, Ganon avait profité de l'ouverture du temple pour y entrer. En plus de dérober le Triforce de la Force, il tua le jeune Héros du Temps endormi et à sa merci. L'espoir pour Hyrule était faible. En sept années, Ganondorf transforma le monde en une terre désolée. Les monstres infestèrent les villages, certains prirent même des postes importants au sein des communautés. Mais le vrai cauchemar débuta avec le mariage obligé de Ganon avec Zelda. La pauvre princesse fut sauvagement enlevée de la protection d'Impa qui fut assassinée sur le coup. Les temps étaient durs pour les peuples d'Hyrule.

S'il avait avec lui la Triforce de la Force et celle de la Sagesse, Ganondorf était toujours en danger face aux sages. Car malgré la mort du Héros du temps, la Triforce du Courage était introuvable. Il avait déjà tué Impa mais il restait cinq personnages encore assez puissants réunis pour le déranger. C'est pourquoi il profita de sa prisonnière pour inviter ces grands esprits à une réunion. Il se fit passer pour Zelda et puisqu'on ne pouvait communiquer avec la princesse, personne ne les avertit du danger. En fait, les Sages étaient convaincus de se réunir pour discuter de la stratégie à adopter pour détruire Ganon. Une rencontre pour la paix. Malheureusement, ce ne fut pas le cas. Ganon enferma les sages dans le Temple du Temps avec une centaine de momies mangeuses de chaire. L'endroit n'avait plus rien de sacré, il s'agissait maintenant d'un lieu hanté par la mort et la souffrance. Il ne resta plus rien de ces bonnes âmes sauf peut-être des traces de sang sur le plancher. Restes macabres d'un massacre épouvantable.

Une année passa avant que les déesses interviennent. Elles envoyèrent sur terre six lumières. Six esprits célestes qui entrèrent en contact avec six nouvelles bonnes âmes. L'une se rendit au fin fond de la forêt Kokiris, la deuxième atteint les profondeurs du domaine Zora, la troisième escalada la Montagne de la Mort, la quatrième traversa le désert aride Gerudos et la cinquième atterrit doucement au village de cocorico. La sixième lumière prit un chemin inconnu. Ainsi, les Six Sages furent de nouveau choisis par le destin. L'espoir n'était pas perdu. Ganondorf ne fut pas conscient de l’événement, engourdi par Zelda qui y vit son salut. Encouragées par les lumières qui illuminèrent le monde cette journée-là, des personnes prirent l'initiative de créer une résistance. Un endroit où les alliés du bien pourraient venir se reposer, la taverne Lionbere, se trouva à être leur point d'opération. Pour l'instant, ils attendent l'apparition de ces six Sages qui pourraient bien débarrasser le monde de l'infâme Ganon malgré l'absence du Héros du Temps.